Niñez
Las primeras lecciones de su educación formal las recibió Duarte con su madre, y luego con una profesora de apellido Montilla, la cual tenía una escuelita de párvulos.
El factor religioso tuvo primacía en sus primeras enseñanzas. Su hermana Rosa afirma que "a los seis años sabía leer y de memoria recitaba todo el catecismo". Sus maestros de entonces fueron los clérigos Bonilla y Gutiérrez, pero sus conocimientos elementales de lectura, escritura, gramática y aritmética los adquiriría con el profesor Manuel Aybar.
Después de unos cuantos años, niño aún, recibió clase de teneduría de libros (contabilidad).
Tenía apenas nueve años cuando, José Núñez de Cáceres declaró la independencia del país y su incorporación a la Gran Colombia en 1821. Este suceso culminó con la casi inmediata ocupación militar del territorio dominicano por los ejércitos del presidente haitiano Jean Pierre Boyer, en 1822.
Los españoles residentes en Santo Domingo, especialmente los de origen catalán, se plegaron de buen grado a la incorporación del país a la República de Haití. Así, cuando Boyer arribó a la ciudad al frente de sus tropas, el comercio español se apresuró a dirigirle un escrito en que se adherían al nuevo orden implantado.
Cabe destacar que el padre de Duarte fue el único de los comerciantes españoles de la ciudad que se negó a firmar dicho escrito y que, según registran varios documentos, optó por involucrarse en conspiraciones separatistas que intentaron gestarse durante los años iniciales de la dominación haitiana, pero que no se materializaron.
Adolescencia
El 6 de enero de 1823, Boyer decretó el reclutamiento en el ejército haitiano de todos los jóvenes entre 16 y 25 años. Dicha medida hizo que la Universidad de Santo Domingo perdiera sus estudiantes y por ende tuviera que cerrar sus puertas.
Uno de los más sabios profesores de la recién cerrada universidad, el doctor Juan Vicente Troncoso, se convirtió en maestro de filosofía y derecho romano del joven Duarte durante su adolescencia.
El 14 de noviembre de 1824, Boyer estableció el francés como idioma oficial, único y obligatorio en los actos de los Tribunales, del Estado Civil y de los notarios públicos en toda la isla.
Bajo la tutoría del maestro haitiano Don Auguste Brouard, Duarte estudió y aprendió el francés durante su adolescencia. También realizó estudios de inglés con un profesor de apellido Groot.
